Une crue centennale a 1 % de probabilité de se produire chaque année. Le PPRI de Marguerittes, établi en 2014, indique un risque annuel de 10 % d'inondation, qui augmente avec le réchauffement climatique et la densification du village. Malgré l'inefficacité des bassins de rétention en cas d'épisodes cévenols, aucun travail de protection n'est prévu. Les travaux de sécurisation du Canabou, pourtant étudiés par l'ancienne municipalité, restent non réalisés.
